Thực hiện chức năng quản lý thông qua việc chỉ đạo thực hiện các định hướng hoạt động; xây dựng các chiến lược và kế hoạch ngắn hạn, trung dài hạn; ban hành các cơ chế quản lý phù hợp về tổ chức, phương hướng kinh doanh, các sách lược và biện pháp chủ yếu trong huy động và sử dụng vốn của Quỹ Phát triển nhà ở… đồng thời đảm nhận chức năng giám sát, kiểm tra cơ quan điều hành của Quỹ Phát triển nhà ở; tạo điều kiện cho Giám đốc tổ chức thực hiện các chỉ thị, nghị quyết của HĐQL theo đúng chức năng nhiệm vụ đã được Điều lệ tổ chức và hoạt động quy định.

Hội đồng quản lý gồm 10 thành viên, là đại diện có thẩm quyền của Sở Tài chính, Quỹ Đầu tư phát triển đô thị, Sở Kế hoạch đầu tư, Quỹ Phát triển nhà ở, Viện Kinh tế, Sở Tài nguyên môi trường, Ngân hàng Nhà nước Chi nhánh TP.Hồ Chí Minh, Sở Xây dựng và Liên đoàn lao động thành phố.